miRNA測(cè)序

一、miRNA測(cè)序介紹

  miRNA測(cè)序是一種大小約21—23個(gè)堿基的單鏈小分子RNA，是由具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的約70-90個(gè)堿基大小的單鏈RNA前體經(jīng)過(guò)Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（雙鏈）但是和siRNA密切相關(guān)。microRNA通過(guò)和靶基因mRNA堿基配對(duì)引導(dǎo)沉默復(fù)合體（RISC）降解mRNA或抑制mRNA的翻譯，從而在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控蛋白表達(dá)（新發(fā)現(xiàn)miRNA也能在轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控基因表達(dá)）。miRNA在物種進(jìn)化中相當(dāng)保守，在動(dòng)物、植物和**等中發(fā)現(xiàn)的miRNA表達(dá)均有嚴(yán)格的組織特異性和時(shí)序性。miRNA在細(xì)胞生長(zhǎng)和發(fā)育過(guò)程中起多種作用，包括調(diào)控發(fā)育、分化、凋亡和增殖等。

目前研究miRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技術(shù)以及第二代測(cè)序技術(shù)。基于第二代測(cè)序技術(shù)的miRNA測(cè)序，可以一次獲得數(shù)百萬(wàn)條miRNA序列，能夠快速鑒定出不同組織、不同發(fā)育階段、不同**狀態(tài)下已知和未知的miRNA及其表達(dá)差異，為研究miRNA對(duì)細(xì)胞進(jìn)程的作用及其生物學(xué)影響提供了有力工具。

二、miRNA測(cè)序分析項(xiàng)目

標(biāo)準(zhǔn)分析項(xiàng)目

1) 原始數(shù)據(jù)質(zhì)控（去接頭污染，去低質(zhì)量reads），數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)；

2) 與參考序列比對(duì)；

3) 小RNA與rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、piRNA的比對(duì)信息；

4) 小RNA與miRBase 中范圍的已知的 miRNA的比對(duì)；

5) 按照優(yōu)先級(jí)將小RNA進(jìn)行分類注釋；

6) 預(yù)測(cè)新的miRNA；

7) 差異miRNA分析；

8) 差異miRNA表達(dá)聚類分析；

9) miRNA靶基因預(yù)測(cè)分析

10) 靶基因功能富集分析

上等分析項(xiàng)目（以下分析選擇分析結(jié)果較好的3~5個(gè)）

靶基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析

miRNA功能協(xié)同網(wǎng)絡(luò)分析

miRNA通路協(xié)同網(wǎng)絡(luò)分析

miRNA共調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析

miRNA活性分析

按照客戶要求對(duì)興趣miRNA進(jìn)行深入分析；

重要miRNA的功能富集分析；

三、樣本要求

RNA樣品總量: ≥3μg

RNA樣品濃度: ≥200 ng/μL

四、項(xiàng)目周期

45個(gè)工作日